李克强的经济学硕士和博士学位都是在团中央工作期间拿下的。
　　知青经历使他深感农村经济凋敝国家现代化肯定无法实现。对于经济体制改革、经济结构转型他开始悉心钻研。
　　1988年，李克强以《农村工业化：结构转换中的选择》一文获得经济学硕士，此文后被厉以宁收入《走向繁荣的战略选择》一书，与李源潮等人的论文并陈。这本书中的观点，后来大都变为真实的政策。
　　1991年，他在《中国社会科学》上发表论文《论我国经济的三元结构》，首次提出农业部门、农村工业部门与城市工业部门并存的理论，挑战阿瑟。刘易斯等西方经济学家提出的二元经济结构。
　　在这篇论文中，李克强特别提到了拉美一些国家的教训。他说，城市现代工业就业增长率大大低于生产力增长率，而城市中的传统部门和贫困部门，却有大量农村人口进入。在农业部门与工业部门间劳动力转移尚未展开时，提前开始了农村与城市间的人口转移。这集中形成了城市贫困社会。
　　他说，如果中国走上述道路，后果将更加严重--会使城市传统部门恶性膨胀，"城市病"的特征更加显著。
　　他在论文中提出，应把注意力转向农村，就地实现剩余劳动力的转移，走从农业部门到农村工业部门再到城市工业部门的转移路线，是中国国民经济结构转换的唯一选择。而其中核心是农村居民的现代化，要使农村人口顺乎自然地向小城镇集中，逐步发展中小城市。
　　此文获得中国经济学界最高奖项--孙冶方经济科学奖的论文奖。而李克强20年前的分析，今天看来仍有现实意义，并且正在落实为他力主的新型城镇化方略。
　　在1990年发表的一篇关于农业问题的论文中，李克强特别提及土地产权问题：土地按人口平均的承包制日益显露局限，产权制度模糊造成农业生产乏力。
　　对此，他提出了一种思路：产权制度理论滞后，等待具有突破性的理论指导己不可能。应在稳定承包制的基础上，重点改革土地经营方式，允许并支持多种生产经营方式生动活泼地推进，产权制度必然会在现实中得到新的发展。
　　尽管热爱学术研究，李克强如他自己所言，"不仅仅是思考的一代"。在团中央期间，他调研频频，比如山东诸城的改制试验；也曾多次外访，打开眼界。
　　很多人也许未留意到，李克强还曾具体指导过一家企业的经营。
　　1979年，荣毅仁胞弟、全国青联常委荣鸿仁提议，由全国青联出面，引进侨资、外资，兴办青年旅游业。全国青联提出成立中国青年旅行社，用企业化的办法办旅游。这个设想对旅游业的垄断局面冲击不小。
　　经过反复讨论和艰苦运作，青旅成为打破垄断、引入竞争的改革标版。