褚健在他的自辩材料中也提及了这段历史。他称，公司被纳入上市，原有骨干人员流失，产品研发及市场营销受到影响，并且产学研合作的平台不再有。在此背景下，褚健和浙大工业自动化工程研究中心时任主任孙优贤，商量创办一个以软件为主业的产学研公司，即1999年3月成立的浙江中控软件有限公司（后更名为中控科技）。

　　上述中控高管介绍，褚健引入风投以2950万的代价，将自己一手创办的中控从浙大“赎出”，中控从浙江大学的校企，变成民企。

　　据了解，中控这次“单飞”后来争议巨大，并构成了检方指控褚健涉嫌犯罪的主要事实。

　　褚健在自辩材料中强调，中控离开浙江大学不是他的本意，而是“根据浙江大学党委会和校长办公会议纪要、学校产业处的意见，以及浙大企业集团和浙大海纳高层的决定。”

　　浙江大学出具的一份说明证实了褚健的说法，这份说明提及：浙江海纳当时的三块业务分属不同行业，管理难度大，而开发资源不够，学校有关会议作出逐步收缩战线、集中精力发展半导体业务的决定，将其持有的海纳中控股权转让。