2005年2月，褚健任浙江大学党委常委、副校长。从一名普通教师转身成为一名副厅级干部。

　　在副校长任上，褚健力主推行浙大人事制度改革，这项改革旨在吸收新鲜血液，将分流浙大30%左右的教职人员。

　　浙江大学一位不愿具名的教授指出，褚健在这项改革中“得罪了不少人”。他认为，褚健显得太过理想化，一心想达成设计的目标，忽略了其中各方的利益。

　　2013年3月12日，浙大原校长杨卫调任，浙大校长一职自此空缺。随后，陆续有“浙大校友”在网上发帖，强调浙大校长必须年富力强、是专业学科领域的学术精英、应拥有国家院士的头衔等，得到不少浙大校友呼应。

　　褚健被传是这场风波的幕后推手，原因在于，他是新校长的热门人选。

　　面对新京报记者，陈亚秋感慨流言伤人，认为是有人故意给褚健“泼脏水”。因为，相关部门2012年启动调查之后，褚健就已被移出校长候选之列。

　　浙江大学在一份官方声明中亦证实，在2013年新校长任命之前，相关部门便已启动了对褚健案的查处。