全会提出“四个格局”和“两个体系”：城市化格局、农业发展格局、生态安全格局、自然岸线格局；建立绿色低碳循环发展产业体系，清洁低碳、安全高效的现代能源体系。强调建立健全用能权、用水权、排污权、碳排放权初始分配制度。完善这些制度，把环境承载力作为最为稀缺的自然要素对经济发展进行调控，能有效发挥市场机制的作用。同时为了督促政府履行环保职责，全会强调要加大环境治理力度，以提高环境质量为核心，实行最严格的环境保护制度。首次将“提高环境质量”作为环保工作的核心，转变过去只注重排污量减少、能耗降低等指标的片面环保观，以改善环境质量作为“十三五”环境保护工作的根本出发点和主线。同时，全会还提出了实行省以下环保机构监测监察执法垂直管理制度，有利于避免过去属地化管理方式所导致的个别地方政府对环保的“不作为”，落实地方政府责任，推进国家环境治理体系和治理能力的现代化。